Archivi tag: tesi

Ringraziamenti e consigli

Oggi è una giornata senza occhiali. Non so perché, ma mi ballano sul naso e quindi mi terrò, per queste ventiquattr’ore la mia lieve miopia e cercherò di guardare le cose vicine lasciando perdere quelle sfocate un po’ più in là.

Le cose vicine, anche metaforicamente, vicine al cuore.

Caterina ha aperto un Flou. Credo sia un unicum, e non nel senso del superalcolico. Un Flou che è un piacere leggere, perché Caterina con le parole, a mio modesto avviso, ci sa fare. Ce l’ho sotto il naso, il suo Flou, in questo momento, e non è per nulla annebbiato, quindi ve lo consiglio cordialmente.

Rita, invece, ha scritto un libro che mette insieme due aspetti che mi incuriosiscono molto: la costruzione del genere e l’educazione spirituale e religiosa. Il libro non l’ho ancora letto, perché come spesso mi capita continuo a ripromettermi di fare qualcosa di complicato (andare in centro nella libreria che lo vende) e pertanto non faccio la cosa semplice (comprarlo online). Sicuramente avrò modo di parlarne in questo spazio non appena ne sarò entrato in possesso. Comunque ne ho letto le pagine finali (no, non è un romanzo criminale e non sono andato a vedere chi è l’assassino) e mi par di capire dai ringraziamenti che nel suo testo siano finiti anche alcuni miei frammenti (sì, Rita, ora mi sento un po’ Saffo, come dici tu; Eraclito, direi io, se non mi venisse da ridere) o una loro rilettura. Si può ringraziare dei ringraziamenti? Dell’attenzione sì. E allora, in attesa di fare la cosa difficile, o di decidermi per quella più facile (anche se forse ho trovato l’alternativa inviando mia mamma a comprarmelo e ottenere, in seconda battuta, la doverosa dedica dell’autrice), vi segnalo il libro:

Rita Torti, “Mamma, perché Dio è maschio?”, editrice Effata; disponibile in città presso la libreria di via al Duomo oppure su internet a questo link.

Infine, posto qui la traduzione della sezione dei ringraziamenti della mia tesi di dottorato, ormai consegnata e in attesa di essere discussa. Non so se la stamperò (probabilmente sì, ma solo per tenerla io, credo). I ringraziamenti, insieme al resto dei contenuti della tesi, saranno comunque visibili a chi per motivi professionali cercherà online. Però riguardano anche persone che hanno poco a che fare con le proteine, la biofisica et similia, e per questo ci tengo che ne rimanga una traccia anche altrove.

————————

Esprimo la mia riconoscenza nei confronti dell’Instituto de Astrofísica de Canarias (IAC), del Barcelona Supercomputer Center (BSC) e del Centre de Serveis Científics i Acadèmics de Catalunya (CESCA) per aver fornito le risorse computazionali necessarie per i presenti studi.

Questa ricerca è stata finanziata in parte da:
– Progetto azioni integrate Italia-Spagna 2009 (MIUR/Ministerio de Educación y Ciencia): “Migrazione di ligandi attraverso le cavità idrofobiche di emoglobine non simbiotiche di Arabidopsis thaliana”;
– Programma Vigoni 2009 (MIUR/Ateneo Italo-Tedesco/DAAD): “Mechanism of the Release of Nitric Oxide from the Cell Surface Binding Ferriheme Protein Nitrophorin 7”.

-o-o-o-o-o-o-

Durante i tre anni passati ho avuto moltissime ragioni di essere grato, e tante persone da ringraziare. Ora che questo affascinante e appassionante periodo di ricerca è finito e io torno al mio lavoro di insegnante, posso solo menzionare alcune delle persone eccezionali che ho avuto l’opportunità di incontrare e di cui essere collaboratore. La mia gratitudine nei loro confronti eccede i confini del professionale e dovrà perciò rimanere su questa pagina in larga parte inespresso; questo vale in particolare nei confronti di colui che guida il gruppo a cui ho avuto l’onore di appartenere, e dei miei tutor.

Tra le tante cose per cui posso ringraziare la Dott.ssa .Stefania Abbruzzetti ricorderò qui solo la sua fiducia, talvolta sorprendente, sempre motivante e incoraggiante, nel mio lavoro, e il suo impegno nel promuoverlo.

I miei ringraziamenti di cuore vanno al prof. F. Javier Luque, ospite davvero accogliente a Barcellona, per tutto ciò che ho imparato da lui, come mentore ma anche come esempio di cura, dedizione e sostegno costanti, anche quando si è trattato di un dottorando inesperto e presente solo per sporadiche visite dall’estero. Poter lavorare con lui e il suo grande gruppo è stato davvero un privilegio.

Molti ringraziamenti al Dott. Axel Bidon-Chanal (Universitat de Barcelona): la sua dettagliata conoscenza degli aspetti tecnici del lavoro computazionale, il suo sguardo acuto e profondo circa gli argomenti della mia tesi mi sono stati di grande aiuto in diverse occasioni.

La mia gratitudine vola anche in Germania, al dott. Markus Knipp (Max Planck Institut für chemische Energiekonversion, Mülheim an der Ruhr), il cui interesse e la cui esperienza nel campo delle Nitroforine, e in particolare in NP7 sono stati cruciali in molti casi; e alla prof.ssa Henrike Heise (Heinrich-Heine Universität Düsseldorf e Forschungszentrum Jülich) per la sua pazienza e chiarezza nel fornire e spiegare i segnali NMR lasciati dalla nostra proteina.

Sono grato anche alla dott.ssa Francesca Spyrakis (ora Università di Modena e Reggio Emilia) che mi ha introdotto nell’affascinante mondo della Molecular Dynamics, per tutto il supporto e le informazioni che mi ha trasmesso, ivi compresa, come materiale extra, la sua ammirazione per il gruppo di Barcellona.

Molti ringraziamenti anche al Dott. Stefano Bruno (Dipartimento di Farmacia, Università di Parma) per essersi accollato i problemi di laboratorio offerti dalla preparazione della nostra riluttante NP7, sperando in future occasioni di discutere di nuovo dei trucchi del mestiere o di viaggi davanti a una weizen.

Il prof. Giulio Cerullo e in particolare il dott. Giancarlo Soavi (Politecnico di Milano) hanno offerto un importante aiuto e la completa disponibilità che hanno dato per le misure di cinetica ultraveloce è stata molto apprezzata.

Grazie anche alla dott.ssa Ana Oliveira per alcune stimolanti discussioni, al dott. Juan Pablo Bustamante per avermi insegnato alcuni dei suoi trucchi per l’ILS; molte grazie anche alla dott.ssa Carmen Mandalari, perché camminare su linee parallele forse significa che i cammini non si incrociano mai, ma anche che puoi sempre contare su qualcuno vicino per uno scambio di idee, un’opinione, un consiglio o anche solo un caffè.

-o-o-o-o-o-o-

Durante questi tre anni due membri della mia famiglia mi hanno lasciato. La prof.ssa Giancarla Allegri è stata la persona che per prima mi ha permesso di entrare in un laboratorio quando ero un bambino di quattro o cinque anni, mi ha fatto guardare dentro un microscopio, mi ha mostrato vetrini e colture, mi ha fatto conoscere i pulcini. Sul viso di mia zia ho visto per la prima volta l’amore per la scienza, la passione per la ricerca, il rispetto per le istituzioni universitarie.

Tra le memorie che ho della seconda persona, ce n’è una sbiadita e distante di lui che appoggia libri sul tavolo della sala, alla sera tardi, in modo da poter studiare per la laurea nel momento di quiete della sua giornata, dopo il lavoro, e dopo aver augurato a me, il suo primogenito, la buonanotte. Ha potuto vedere solo l’inizio del mio dottorato, ma il suo esempio mi ha guidato nonostante la sua partenza.

Voglio menzionare entrambi alla fine di questo lavoro, perché la loro isporazione mi ha aiutato a portarlo a termine.

Sento di avere nei confronti della mia collega prof. Raffaella Dall’Aglio un debito di gratitudine, poiché è stata lei a suggerirmi per prima la possibilità di ottenere un congedo per dottorato, e mi ha incoraggiato a perseguirla. Allo stesso tempo vorrei anche esprimere il mio rammarico per le modifiche restrittive che nel frattempo sono state apportate alla normativa che consente tale congedo: sono assolutamente certo che le abilità professionali, i metodi, la credibilità e l’autorevolezza di un insegnante hanno molto da guadagnare da un periodo di tempo dedicato allo studio e alla ricercaa.

Grazie all’aiuto di mia madre, in termini di interessamento e di logistica, alcune cose improbabili sono diventate possibili (tra cui vorrei citare le mie visite in Spagna e Germania), e molte difficili più facili.

Infine, il mio grazie di tutto cuore a Hilary, mia moglie e compagna: il suo sostegno amorevole, costante e concreto a un progetto che abbiamo condiviso fin dal suo inizio non mi ha solo reso possibile arrivare fino a queste ultime parole, ma lo ha anche trasformato e confezionato come un dono alla nostra famiglia.

Un bel weekend

Venerdì sera, settimana di scrutini (passati).

“The sound of music”, tutti insieme appassionatamente sul divano.

In attesa di un bel weekend.

Che si aprirà con due ore in prima e una in seconda, e poi una retsina da Stefania, e comprenderà, in qualche momento, la correzione della tesi. Oltre a tutto il resto in famiglia.

Appunto, e senza alcuna ironia, un bel weekend.

Son soddisfazioni

Fare l’insegnante. Qualche volta, mica sempre, ovvio. Ma quando capitano, lasciano il segno.

Un’ex-alunna che sceglie il tuo stesso corso di laurea. Non a tutti succede, e posso assicurare che fa piacere.

Una tesi di laurea sull’argomento della tua ricerca di dottorato. Credo sia già più raro.

Finire a fare il correlatore dell’ex-alunna, da dottorando. Ecco, sono soddisfazioni.

Al di là del voto, comunque più alto delle aspettative. Al di là della gratificazione personale, che c’è, naturalmente.

La soddisfazione di assistere a un percorso avviato tanto tempo fa, che in parte si compie e in parte ancora prosegue. La soddisfazione di essere presente lì dove qualcosa sta funzionando bene. La soddisfazione del privilegio di aver fatto la mia parte nella semina e pure al momento del primo raccolto.

La soddisfazione di sperimentare che laddove la scuola (la scuola, non il sottoscritto, per quanto ci sia anche il mio zampino, senza dubbio) è in grado di trasmettere Passione, di invogliare alla Profondità, di favorire la Partecipazione (le mie tre P), le cose girano ancora per il verso giusto, i risultati arrivano, anzi forse arrivano ancora meglio di “una volta”.

La soddisfazione, da prof e da genitore insieme, di constatare che non è questione di classe sociale, di cultura, di ambizioni: basta l’amore di un padre e una madre, il buonsenso di chi vuol bene a un figlio che esiste e come esiste, e non a un figlio immaginato e immaginario, basta questo a permettere lo sbocciare di interessi, l’attualizzarsi delle potenzialità, la crescita di una persona.

Sono soddisfazioni.

Arrivare in ritardo alla presentazione, giusto in tempo per la proclamazione è la piccola quota di autodelusione che pago, e alla fine la pago volentieri: non vorremo montarci la testa, vero?

Perché LaTeX

\LaTeX è un sistema di scrittura tipografica a computer piuttosto complicato. Si usa generalmente per scrivere testi che siano all’incirca impeccabili dal punto di vista dell’aspetto (sui contenuti, ovviamente, ancora non siamo in grado di affidare giudizi di impeccabilità a una serie di pacchetti software).

Richiede che si scriva il testo in un formato semplice, preoccupandosi non della formattazione ma della strutturazione. Cioè, chi se ne frega, almeno all’inizio, del font, del corpo, delle grazie, del colore e altre amenità: chiediti invece che roba vuoi scrivere? un libro? un articolo? una lettera? e come la vuoi suddividere? paragrafi? capitoli? sottocapitoli? Ecco questi elementi strutturali vanno inclusi in un file .tex, intorno al testo che si vuole scrivere.

Quindi, prima di tutto, attenzione al contenuto e alla sua strutturazione logica, senza farsi distrarre dagli aspetti grafici.

Poi viene il resto. E’ necessario un compilatore (ce ne sono diverse versioni che girano sui principali sistemi operativi, magnificamente su quelli Linux), è necessaria una libreria di pacchetti aggiuntivi che permettono di fare col testo un po’ quel che si vuole. C’è il pacchetto che applica un carattere particolare, c’è quello che permette di costruire automaticamente l’indice analitico o l’elenco delle figure, c’è quello che ti permette di cambiare i margini della pagina, quello che sistema automaticamente la sillabazione nella lingua che vuoi. Ce n’è per tutti i gusti, e tutti i pacchetti sono ampiamente documentati, reperibili gratuitamente su internet, spesso con gruppi di discussione che trovano soluzioni ai problemi che possono sorgere (nella mia esperienza, qualsiasi problema mi sia capitato è già stato affrontato e risolto in modo soddisfacente).

Il punto forte sono le equazioni, la scrittura matematica:

\oint\mathbf{B}\cdot d\mathbf{s}=\mu_{0}\varepsilon_{0}\frac{d\Phi_{E}}{d\mathrm{t}}+\mu_{0}i

ad esempio. Ma anche i riferimenti, la bibliografia, la formattazione, il posizionamento delle figure: tutto viene gestito in modo automatico, basta scegliere il formato e alcune opzioni di base e il risultato è incredibilmente lontano dai pasticci di un file Word, in cui o si definisce uno stile, e ci si ricorda di applicarlo a tutti quanti i testi che si vogliono con quello stile, oppure bisogna passare uno per uno tutti i titoli, ad esempio, e formattarli allo stesso modo, in cui bisogna assicurarsi di inserire le figure per ultime, altrimenti, cambiando il testo chissà dove finiscono, e per riferimenti e cose simili, se non hai fatto un corso avanzato li fai a mano (con la comparsa di numerazioni fantasiose come il binario per Hogwarts).

I vantaggi sono:

  • l’attenzione al contenuto prima che alla forma
  • la coerenza della forma
  • il file .tex è un file di testo, occupa pochissima memoria di massa e può essere modificato su qualunque computer con un editor di base (blocco note? blocco note!)
  • per questo è semplicissimo lavorare in modo cooperativo con persone che tutte usano \LaTeX: basta passarsi il file sorgente, tipicamente di dimensioni modeste
  • la resa grafica è di qualità tipografica, con finezze come le legature, diverse spaziature, un controllo pressoché totale (anche se non immediato) della geometria della pagina, una gamma amplissima di simboli matematici e tecnici
  • l’output può avere diversi tipi di destinazioni e formati, ad esempio direttamente in pdf, con o senza link attivi, pdf/a o pdf/x, bozza o finale…
  • spezzando il testo in file contenuti, in cui va il testo, e in file contenitori, che contengono le formattazioni e includono i file contenuti, si possono facilmente avere documenti diversi per formato che usano del tutto o in parte gli stessi testi (esempio: contenitore1 con formattazione completa tipo “libro”, che include tutti i files capitolo1, capitolo2, indici, bibliografia, eccetera; contenitore2 con formattazione “bozza” e che include solo il capitolo 2 e la lista degli acronimi; modificando il solo contenuto del capitolo2, i due prodotti finali saranno automaticamente compilati con le modifiche); questo in realtà è possibile farlo anche con altri software, come MSWord, ma la mia impressione è che siano pochini quelli che possono dire di saperlo fare…
  • è totalmente gratuito, open source, e conta su una comunità di sviluppo e di utilizzo che dal 1985 ha seguito il progetto, lo ha ampliato e supportato

Gli svantaggi, invece, mi sembrano:

  • è necessaria un po’ di fatica iniziale per imparare gli elementi fondamentali di quello che è, a tutti gli effetti, un semplice linguaggio di formattazione markup
  • è necessario avere un compilatore installato per tradurre i file di input in un output stampabile o visualizzabile a schermo
  • è macchinoso condividere testi con persone che usano altri sistemi (anche se non impossibile: basta usare una utilità che compila, non perfettamente in verità, in .rtf e si può poi lavorare insieme sul rich text fino alla versione finale)

Bene, suppongo sia solo una fissazione da vecchietto affezionato a gioiellini un po’ démodé. Eppure, avendo scritto documenti in tutti i modi, avendo imparato a usare \LaTeX in età relativamente avanzata, non essendo più riuscito a smettere e a trovare soluzioni migliori, mi tengo volentieri la mia fissazione. E se qualcuno si incuriosisce… tanto meglio, no?

Autunnizio

Cosa ha portato questo inizio d’autunno?

  • Il primo capitolo della tesi è pronto. Pronto… diciamo in attesa di revisione, ecco. Due revisioni. Ma insomma, intanto c’è.
  • Ho riaccompagnato i bimbi a scuola, dopo una settimana di assenza. Le altre mamme hanno chiesto di me a mia moglie, pare. Non immaginavo questa popolarità. Comunque, rieccomi.
  • Abbiamo sconvolto la sala. Un giro di valzer ai mobili, in previsione dell’accensione del camino.
  • Una serenata: Rachmaninov. Non so, mi viene così, autunnale.
  • Ho scoperto due tizi in televisione che vendono case a gente improbabile e poi gliele ristrutturano pure. Li vorrei vedere in Italia, con le pareti di mattoni e tutto quanto. Comunque, da quando li ho visti, mi vien voglia di buttar giù muri, cambiare il lavello, mansardarmi la camera da letto (nel senso di metter su una scala, aprire un buco, e invadere la camera da letto della Mina al piano di sopra).
  • Ho il raffreddore e il mal di gola. Mannaggia. E d’altronde, finché ci sono venticinque gradi al pomeriggio…

Ecco, così, a mo’ di aggiornamento. Buon autunno, comunque.

Ci sono anch’io, un po’

Bene, è iniziato l’anno scolastico.

Senza di me, ancora per qualche mese. Non so bene esattamente quando (storia di ordinaria burocrazia, tra decreti e rettifiche), se a gennaio o a febbraio, ma torno a scuola anch’io.

Ho iniziato a scrivere la tesi, nel frattempo; a settembre dovrei incontrare, qui o a Barcellona o forse tutt’e due, J. per gli ultimi ritocchi sulle pubblicazioni da sottomettere, in modo da consegnare la tesi a gennaio.

Ma mi manca la scuola, e non vedo l’ora di conoscere i miei alunni al GDR.

Per cui a tutti, a me compreso, buon anno scolastico!

Qualche aggiornamento

Ah, l’estate!

Ancora una volta sono rimasto indietro coi post. E anche ora non è che abbia molto da dire.

Ho iniziato a scrivere una parte della tesi, una sorta di review sugli articoli che dagli anni ’80 hanno riguardato un orrendo insetto americano, le proprietà antiemostatiche della sua saliva e le formidabili proteine che vi sono contenute e sono responsabili di cotali proprietà. No, è orrendo davvero: guardatevelo un po’ voi…

Da Wikipedia: Rhodnius prolixus Stahl.

Sono diventato bi-zio. Per l’esattezza, ero e rimango zio, e sono diventato anche uncle. I suoceri sono felici del terzo maschio su tre nipotini. Probabilmente si chiedono quando arriverà anche una femmina, ma credo che tale domanda non incontrerà molta attenzione.

Riflessione di questi giorni: ma è venuto in mente a qualcuno là a Roma che, in un momento in cui c’è poco lavoro (e non per le tasse sul lavoro ma perché non ci sono gli ordini), non basta togliere gli svantaggi ai contratti a termine, ma bisogna avvantaggiarli proprio e anche rapidamente, anche se solo in via eccezionale, perché l’alternativa non sono i contratti a tempo indeterminato, ma la disoccupazione?

Nota più leggera: oggi gita post-ferragostana in montagna. I bambini sono incredibili (oggi in tre, con l’amichetta): trecento metri di dislivello in su, pranzo al rifugio, giro del lago, trecento metri di dislivello in giù, pisolo in macchina e sono ancora lì, alle nove e quaranta di sera, che se la raccontano come se nulla fosse stato. Comunque, per compensare l’immagine dell’emittero assassino, eccovi un’occhiata di Appennino. E buon weekend.

aa268